Если Вы потеряли (у Вас украли) свидетельство о регистрации транспортного средства (СР), Вам надо поехать в МОТОТРЭР субъекта РФ в котором зарегистрирована Ваша машина (постоянно или временно)

"24.4. Проведение регистрационных действий в отношении транспортных средств, собственниками (владельцами) которых являются физические лица, осуществляется в пределах субъекта Российской Федерации в любом регистрационном подразделении Госавтоинспекции." (приказ МВД 1001)

и подать заявление об "УТРАТЕ свидетельства о регистрации при невыясненных обстоятельствах". Вам придется пройти почти полную процедуру регистрации машины (как при постановке на учет), кроме осмотра автомобиля При себе иметь :

автомобиль предоставлять на осмотр НЕ НУЖНО 

"48. При выдаче свидетельств о регистрации, паспортов, регистрационных знаков транспортных средств 46 взамен утраченных, непригодных для пользования, не соответствующих действующим стандартам или утвержденным в установленном порядке образцам либо срок действия которых истек, совершаются действия, предусмотренные пунктом 49 Правил регистрации и подпунктами 35.1 - 35.3, 35.8, 35.13, 35.15 и 35.19 настоящего Административного регламента" (приказ МВД 1001)

"51. Не производятся регистрация, изменение регистрационных данных, снятие с регистрационного учета транспортных средств и иные регистрационные действия до окончания проверок, осуществляемых в установленном порядке органами внутренних дел, а также при невыполнении требований настоящих Правил и Административного регламента либо в иных случаях, предусмотренных законодательством Российской Федерации."(приказ МВД 1001)

Вам распечатают заявление, которое Вы продиктуете, выдадут квитанции об оплате проведения регистрационных действий, Вы их оплатите. После этого Вам выдадут дубликат СР с записью в Особых отметках о причине выдачи дубликата, номер СР запишут в ПТС. 

Любой отказ от производства действий по выдаче дубликата СР, любое требование о предоставлении каких-либо дополнительных документов должно быть ТОЛЬКО письменным и мотивированным. Такие отказы или требования Вам надлежит немедленно (или в течение 3-х месяцев) обжаловать у вышестоящего начальника или в суде, как "неправомерные действия должностного лица, нарушающие права и свободы граждан".

Если Вы потеряли ПТС (как его возможно потерять - загадка :) ), то Ваши действия аналогичны случаю утери СР.